中国的文人受儒家思想影响，一直持有忠君贞固，不做贰臣的观念。方以智得以青史留名，也得益于他高洁不屈的文人气节。历史的转弯处，朝廷上少了一位为宫者，中国的易学史，哲学史上却产生了一位重要的人物。历史的功过如何论之？幸或不幸？理性言之，对方以智个人是不幸的，对中国文化，对哲学思想的发展却是幸莫大焉！

    方以智宁死不做贰臣，情愿出家为僧，归老山林。于是，他改名为方大智，字无可。别号弘智、药地、浮山，愚者大师等，过上了隐居著述的生活。

    方以智在易学上提出了“虚空皆易数”，“即费知隐”，“先在后中”，“河洛中五”等命题和学说，建立了以自然哲学为观点的易学体系。他认为：“易、数、理、气是统一的，应用时通变以瞻民用”。在易学的象数上，他对八卦所取的物象作了大量的补充；坤卦补象四十，震卦补象四十二，巽卦补象……一其补了三百多条”，他进而提出，象数乃气化的形式和度数，反之又是易理的表现。

    方以智继承并发挥了邵雍的易学思想，提出了“先在后中”，认为先天八卦已含涵在后天卦中，后天之学即是先天，离开后天则先天无存。他这种将先天易学纳入后天时用的学术思路，成为易学史上的一大创见。

    方以智在易图书学上也颇有见地；他认为河为体，洛为用，体用互藏，图体藏用。以河洛图式为天地万物生成变化的模式，宇宙的表法，从而使整个世界和变化的过程成为一个连结的整体和系统。这一理论，闪烁着辨证思维的光芒，又进一步廓清了《易》的图书之学在社会、自然的致用之道。他反对“离气执理”、“扫物尊心”的宋明理学思想，把出“心物交格”的认识原则；主张“学天地”，“即物求理”“以实事证实理”，“知至而以知还物”；“考古所以决今，然不可泥古”等观点。此外，他更注重易学理论与实践的结合力、应用力。他著有《易馀》一书，他的儿子方中通、方中履也继承家学余脉，在易学上颇有造诣。由此可见，方家五代人独钟《易》学并每代都有见树、都有成就，这在中国易学史上是极为鲜见的。因此“桐城方氏”也成为一个具有历史意义的文化符号，备受后人们的缅怀和追忆。

    方以智的学识广博，一生著作博杂，所涉及的领域众多，又多有卓识和旨趣。“凡天人，礼乐、律数、声音、文字、书画、医药，下逮琴剑，技勇，无不折其旨趣，著书数十万言”，他的著作以《通雅》和《物理小识》为代表作并曾盛行，对明清学者产生了很大的影响。